списание долга

Боюсь, что права налоговая. Но точно ответить на Ваш вопрос невозможно - не хватает данных. Дело в том, что в данном законе речь идёт о списании задолженности по налогам, возникшей до 01.01.2009 года. То есть срок уплаты налога должен был наступить до 01.01.2009 года. А транспортным налог физическими лицами, как правило, должен уплачиваться в следующем году. То есть, если речь идёт о налоговом периоде за 2008 год, то платят налог за 2008 год в 2009 году, т. е. обязанность по уплате налога должна была наступить после 01.01.2009 года, и, следовательно, Ваша задолженность под закон о списании не подпадает.

НО, повторюсь, точно ответить на Ваш вопрос невозможно. Дело в том, что транспортный налог относится к региональным налогам. И сроки уплаты транспортного налога устанавливаются законами субъектов РФ. То есть для полноценного ответа на Ваш вопрос необходимо изучить закон субъекта РФ, где был зарегистрирован автомобиль, в той редакции, в которой он действовал в 2009 году. Сейчас НК РФ установлено, что данный срок не может быть установлен ранее 01 ноябре следующего года, но в 2009 году такой нормы не было.
Однако Вы не указали, где стоял на учете автомобиль, поэтому определить закон какой области надо смотреть, невозможно.

Налоговый кодекс Российской Федерации
В редакции 2009 года

Статья 363. Порядок и сроки уплаты налога и авансовых платежей по налогу
1. Уплата налога и авансовых платежей по налогу производится налогоплательщиками по месту нахождения транспортных средств в порядке и сроки, которые установлены законами субъектов Российской Федерации.

Федеральный закон от 21 ноября 2011 г. N 330-ФЗ
"О внесении изменений в часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации, статью 15 Закона Российской Федерации "О статусе судей в Российской Федерации" и признании утратившими силу отдельных положений законодательных актов Российской Федерации"
Статья 4
1. Установить, что признаются безнадежными к взысканию и подлежат списанию недоимка по налогам (сборам) (в том числе отмененным) , образовавшаяся у физических лиц по состоянию на 1 января 2009 года, задолженность по пеням, начисленным на указанную недоимку, и задолженность по штрафам, числящаяся за физическими лицами по состоянию на 1 января 2009 года, в отношении которых налоговый орган утратил возможность взыскания в связи с истечением установленного срока направления требования об уплате налога, сбора, пеней, штрафа, срока подачи заявления в суд о взыскании недоимки, задолженности по пеням и штрафам за счет имущества налогоплательщика (плательщика сбора) - физического лица, срока для предъявления к исполнению исполнительного документа, но не более размера таких недоимки и задолженности по пеням и штрафам по состоянию на день принятия решения об их списании.