Можно ли в исковом заявлении ссылаться ,как на доказательство, на договор оказания услуг,если в нем есть пункт, что этот

Ссылаться можно. НО! ! в зависимости от судьи, юридической грамотности и напористости их и вашего юриста возможны варианты:
1. Гарантийным письмом вы пришли к соглашению об изменении этого пункта договора (гарантийное письмо оферта, ваш акцепт - это конклюдентные действия - фактическое оказание услуг) .
2. Договор считается незаключенным, но у вашего заказчика образовалось неосновательное обогащение (он получил выгоду без законных оснований) . Поэтому можно требовать оплату, но стоимость оплаты может рассчитываться и как среднее по городу или иначе (разные варианты могут быть) .
Если судебную практику посмотреть, можно наверное и иные варианты придумать, но вряд ли.
Также вопрос качества оказанных услуг (и, отсюда, стоимость оказанных услуг) тоже в суде встанет. Если услуги оказаны действительно не качественно, то взыскать их стоимость будет проблематично.

Все вступило в силу, раз еще и гарантия есть. Есть доказательство выполнения услуг, например, копия отчетности, сданной в ИФНС (в бухгалтерской фирме, а не только у заказчика) ? Копии прима-передачи бухгалтерских документов? и т. д. Вы должны доказать, что работы по договору выполнены. Если это будет доказано, то заказчик сможет ссылаться, конечно, что некачественно, но должен будет доказать этот факт и все равно оплатить, разве что потребовать уменьшения оплаты. Сумма того стоит, чтобы судиться? Судя по тому, о чем спрашиваете, квалифицированного юриста по арбитражу у вас нет, а привлекать тоже денег стоит