разные печати в договоре и приложении это нормально?

После проведения реорганизации, старые печати предприятия должны быть уничтожены по акту. Если новое предприятие является правопреемником старого по всем обязательствам и долгам, то договор можно не переоформлять. Возможно, что Приложение было оформлено уже после реорганизации, тогда на нем будет стоять новая печать. Есть еще вариант. Можно сделать Допсоглашение к старому договору с текстом, в котором будет написано, что в связи с реорганизацией, стороной по договору является правопреемник - новое название организации и его новые реквизиты. Это будет законно.
Ставить новую печать на старый договор, как вам здесь советуют, не законно, ведь нигде не написано нового названия организации, его новых реквизитов, что же именно будет подтверждать новая печать? И нотариус вам не поставит такую печать. Никаких нотариусов, составьте новое Допсоглашение и все.

Так если реорганизовано предприятие и сменилось наименование или организационно-правовая форма - это вполне нормально. Но нигде, ни в каких НПА Вы этого не найдёте.

Ну если реорганизована с правоприемством всех обязательств и прав то почему бы и нет. Вполне можно принять и печать нового ообщества. Весь вопрос как была реорганизвана организация.

И потом интересный факт: печать на документе (соглашении, договоре) это вообще второстепенный атрибут. Закон не предусматривает обязательное наличие печати на таких документах.

Существует масса судебной практики когда отказывали в удовлетворении требований о признани договоров незаключенными по причинам отсутствия печати на документе

Ну тут вообще странно договорные обязательства взяты одной фирмой а вроде поставка по спецификации или приложению будет осуществлять другая. Необходимо переподписать договор!

просто можно рядом со старой печатью поставить новую и заверить руководителем.

Это совсем не правильно. Старая печать не имеет юридической силы, потом в суде директор откажется ссылаясь, что фирма давно не существует. Ищите через поисковик прямо пишите что интересут.