Договор ГПХ между ООО и ФЛ

Посмотрите Письмо Минфина от 21.07.2017 N 03-04-06/46733, там подробно описано, что в данном случае Общество является налоговым агентом и обязано уплачивать НДФЛ. В письме имеются ссылки на соответствующие нормы права.
В силу ст. 421 ГК РФ граждане и юридические лица свободны в заключении договора, однако в силу пункта 4 данной статьи условия договора определяются по усмотрению сторон, кроме случаев, когда содержание соответствующего условия предписано законом или иными правовыми актами.
В соответствии со ст. 422 ГК РФ договор должен соответствовать обязательным для сторон правилам, установленным законом и иными правовыми актами (императивным нормам), действующим в момент его заключения.
Нормы налогового законодательства императивно возлагают на налогового агента производить отчисления.

Вообще-то, не может. Это противоречит действитвующему законодательству и такой пункт договора будет ничтожным.
Если юр. лицо нигде в отчётах не покажет "физика" с которым такой договор заключил, то ничего и не будет. А если покажет, то налоговая требование выставит об уплате налога и по требованию нужную сумму взыщет

Нет, нельзя.

Пункт будет противоречить законодательству РФ в части обязанностей ООО выполнять функции налогового агента физ. лица. То есть данный пункт будет ничтожен.

Если физлицо не ИП или не самозанятый, которые обязаны самостоятельно платить налоги, то ООО является налоговым агентом в силу закона, и обязано удержать с выплат НДФЛ. Штраф 20% от суммы налога по ст. 123 НК.

Нет, так делать нельзя. ООО выступает налоговым агентом и должно платить НДФЛ за физлицо.