Какой орган производит гос. регистрацию некоммерческих организаций?

Статья 51 ГК РФ . Юридическое лицо подлежит государственной регистрации в уполномоченном государственном органе в порядке, определяемом законом о государственной регистрации юридических лиц. Данные государственной регистрации включаются в единый государственный реестр юридических лиц, открытый для всеобщего ознакомления.
ПОСТАНОВЛЕНИЕ Правительства РФ от 30.09.2004 N 506 (ред. от 27.01.2009, с изм. от 24.02.2009)
"ОБ УТВЕРЖДЕНИИ ПОЛОЖЕНИЯ О ФЕДЕРАЛЬНОЙ НАЛОГОВОЙ СЛУЖБЕ"
Федеральная налоговая служба (ФНС России) является уполномоченным федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим государственную регистрацию юридических лиц, физических лиц в качестве индивидуальных предпринимателей и крестьянских (фермерских) хозяйств, а также уполномоченным федеральным органом исполнительной власти, обеспечивающим представление в делах о банкротстве и в процедурах банкротства требований об уплате обязательных платежей и требований Российской Федерации по денежным обязательствам.
Федеральная налоговая служба находится в ведении Министерства финансов Российской Федерации.
Федеральная налоговая служба осуществляет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления и государственными внебюджетными фондами, общественными объединениями и иными организациями.
Служба и ее территориальные органы - управления Службы по субъектам Российской Федерации, межрегиональные инспекции Службы, инспекции Службы по районам, районам в городах, городам без районного деления, инспекции Службы межрайонного уровня (далее - налоговые органы) составляют единую централизованную систему налоговых органов.

сама некомерческая организация регистрируется в МНС РФ, то есть в налоговой, а её имущество - по принадлежности (подведомственности) в бывших ФРС

Министерство Юстиции. Федеральная Регистрационная служба ранее относилась к минюсту и регистрировала именно она. сейчас вот-вот (если не уже) фрс отойдет к министерству финансов, но регистрация неком. организаций останется на мин. юсте.