Как правильно оформить юридически ситуацию, когда фактический адрес фирмы не совпадает с юридическим?

Налоги оплачиваются по юридическому адресу...)))

по юр. адресу конечно же!

так и указывать сначала юр. адрес, а потом фактич.

А в какой конкретно ситуации? У меня, например, офис в одной части города, а юридический адрес - в другой.

Вопрос гораздо шире, все зависит от места нахождения фактического и юридического адреса. Хотя это понятия не совсем корректные и какое-либо толкование в законодательстве о том, что такое юридический адрес отстутствует. Возьмите устав ООО там будет указание на местонахождение ООО и его почтовый адрес. Существует место нахождение (например ООО) , по месту нахождения единоличного исполнительного органа ООО - (например директора) . Т. е. место где осуществляет деятельность Директор, где находятся учредетельные документы ООО, этот адрес и является местом нахождения ООО. Однако если допустим - производственный цех или что-то еще - (обязательно наличие стационарного рабочего места) находятся в ином месте - т. е. на территории обслуживания другой ИФНС в этом случае необходимо открыть обособленное подразделение, филиал, представительство. Формально если допустить такую ситуацию, при которой директор располагается по одному адресу, а бухгалтерия по другому, но на территории обслуживания одной и той же ИФНС обособленное подразделение открывать не нужно.

Нужно создавать обособленное подразделение, иначе налоговая ИФНС вправе признать сведения указанные в базе ЕГРЮЛ несоответствующими действительности и у Вас могут быть проблемы (штраф например) .
Что касается налогов (НДФЛ) , то уплату Вы будете производить либо по месту нахождения обособленного подразделения либо по юридическому адресу организации. При создании обособленного подразделения Вы указываете, где будете отчитываться по налогам, за подразделение это будет делать головной офис либо обособленное подразделение будет самостоятельно отчитываться перед налоговой.