Лучше ли под систему ставить отдельный жёсткий диск?

Если ты поставиш под систему отдельный, высокоскоростной диск, то конечно-же работать будет быстрее. А если диски по характеристикам будут одинаковыми, стандартными, то ошутимого прироста быстродействия ты впринципе не заметиш.

Ну в принципе да, особенно если это модель Velociraptor с 10000 об/мин или SSD

бред ( конкретные диски у нас непродаются - увы) Нужно заказывать в США вот тут например http://cgi.ebay.com/NEW-OCZ-Technology-RevoDrive-OCZSSDPX-1RVD0080-80-GB-/380311375654?pt=PCC_Drives_Storage_Internal&hash=item588c530f26#ht_2896wt_1187
Эти диски сейчас рулят везде ) короче гуд диски - вот такой ставь под систему и тачка попретТТТ

От этого комп быстрее уж точно не заработает. :) А если ты игрун, то и вообще.. . ожидай скорого кризиса. Это я говорю про вариант с системой на 250 Гб и всем остальным на 1 Тб. :)
250 ты полюбасу засрёшь быстро, а потом надо будет очень сильно хитрить, чтобы как-то умудриться расширить системный раздел на другой хард. Да ещё с учётом того, что на диске в 1 Тб уже будет что-то записано. :) Быстрое решение - купить третий винт. :) Так что предрекаю тебе эту милую ситуацию, когда при явном огромном свободном пространстве тебе понадобится ещё один жёсткий диск. :)
Но если ты не игрун, то вариант с системой на сравнительно малом диске приятен будет тем, что его всё ж таки быстрее забэкапить, чем архивировать целый терабайт.
Выбор за тобой! :)

Лучше ставь только 1ТБ, ибо он по-любому новее, а соответственно быстрее.

если ставить raid 0 то да, стоит, но диски должны быть равного объёма

Разницы заметно не будет.