Чем разгон по множителю отличается от разгона по шине?

Это элементарно, Ватсон.
Частота процессора задается как произведение частоты шины на множитель.
Пример:
3300 МГц = 100 МГц * 33 (3300 - частота процессора, 100 - частота шины, 33 - множитель).
Следовательно, чтобы повысить частоту процессора, нужно повысить либо частоту шины, либо множитель, либо то и другое.
Когда повышают частоту шины - это разгон по шине, когда повышают множитель - разгон множителем.
Ферштеен, юный падаван?

Разгон по шине приводит к проблемам с работой низкоскоростных интерфейсов. Приходится менять их множители.
На некоторых платформах он вообще невозможен.

Шина находиться на материнской плате. Разгон по шине = разгон материнской и всего что к ней подключено.
Множитель процессора в процессоре. Разгон по множителю это процессор и все что к нему подключено.
Принципиально подход с разных сторон

Простотой и эффективностью

По шине гониться всё железо, т. е можно увеличить фпс в играх, а по множителю, если процессор не является узким горлышком, то фпс не прибавиться, а если наоборот, то соответсвенно прибавиться.

разгон по шине даёт больше производительности

На интеловских процессорах можно разгонят по множителю, с процессорами только с индексом К на конце. Но если проц без индекса К, то можно разогнать по шине.
У процов с К на конце множитель разблокирован (например: i7 6700k, i5 6600k) значит его можно разогнать либо по шине, либо по множителю
У процов без К, (Например i7 6700, i5 6400) множитель заблокирован, значит его можно разогнать только по шине.
Еще считается, что по шине разгонять сложнее.