ПАДАЕТ СКОРОСТЬ КОПИРОВАНИЯ

Изза размеров файлов - на большой скорости копируются самые большие по обьему файлы, мелочь очень тормозно копируется... и ещё зависит от буфера диска, и случайной выборки мест записи (дефрагментации записи на диск)

Потому что к твоему жёсткому в гости скоро придёт маленький беленький пушной зверёк.
Это моё предположение и что бы его исключить, проверь что скажет кристалдискинфо
http://crystalmark.info/download/index-e.html

Если смарты в норме, то это просто так срабатывает эффект кэширования на больших объёмах.
Есть ещё такая фишка, как ошибки файловой. Они то же тормозят запись. Сделать скандиск для исправления.

Приятного конечно мало. Но если тебе постоянно надо переносить такие объёмы, то надо озадачиться и сделать дефрагментацию (ну или как минимум посмотреть на сколько диск фрагментирован)

ps НО !!!
и скандиск и дефрагментацию делать только если смартпараметры диска в норме.
Иначе ты сам ушатаешь свой внешний диск

с начало в память толкает, а потом на флешку, можно на флешке активизировать службу - которая занимает часть флешки для оптимизации при копировании, тогда быстрей, но часть флешки теряется!

Кэширование, журналирование и температура - упирается в них.

Большие файлы копирует с максимальной скоростью, а кучу маленьких соответсвенно. Запихай весь свой объём в архив, таким образом превратив его в один большой файл. И копируй. Правда не знаю что больше времени займёт архивация/разархивация плюс копирование или просто копирование))