Может ли контроллер SSD не делать там у себя внутри дубликаты файлов?

Скажу больше: Windows у себя в системных папках активно использует хардлинки, и если ты замеришь сумму объёмов всех папок в Windows - то получишь больше, чем они занимают на самом деле на диске, т. к. файлы из System32 на самом деле представляют из себя хардлинки на файлы из WinSxS, которые после обнов не копируются поверх, а просто начинают указывать на новые версии файлов.
Ничто не мешает использовать это на любых типах носителей, лишь бы файловая система позволяла (из виндовых - NTFS позволяет). Единственный недостаток - если отредактируешь файл, то все экземпляры этого файла при этом отредактируются, потому для хранения резервных копий это не подойдёт.

Ну а если ты инженер и пишешь для своего SSD прошивку контроллера - то можешь сделать в нём дедупликацию одинаковых по содержимому логических секторов, но твой сборщик мусора должен обязательно о таком поведении знать и не стирать страницу памяти, пока хотя бы один логический сектор на неё указывает.

это называется дубликаты, жесткий диск, накопитель, флешки, карты.. это не имеет значения, если одинаковые данные не нужны удаляй без сожаления.
программа подойдет любая, даже в бесплатном ccleaner есть поиск и удаление одинаковых файлов, инструкция:
https://ccleaner-all.ru/instructions/fajly-dublikaty-v-ccleaner-kakie-mozhno-udalyat.html

Это не от диска зависит а от файловой системы, на SSD тоже самое можно сделать

Чё так много вопросов про ssd?
Делай что хочешь, хоть и для ssd есть свои программы