Можно ли подключить видеокарту с PCI-E 3.0 к мат. Плате с PCI-E x16

Да, но работать будет не в полную силу.

AGP и PCI Express
АГП интерфейс — устаревший вариант. Его уверенно заменил PCI Express. Словом, для современных производительных компьютеров AGP — не вариант. Но и с PCI есть нюансы.

PCI Express 2.0 и 3.0
Первая версия разъема обладала скоростью в 2,5 гигатранзакций в секунду. Во второй, вышедшей в 2007 году, быстрота увеличилась в два раза. За счет обратной совместимости старые видеокарты нормально работали в более новых материнских платах.

Какие были новшества, кроме скорости:

обновленные механизмы, созданные для контроля скорости соединений программным образом;
смена системы питания.
В PCI-SIG была создана спецификация, способная обеспечить необходимую подпитку с учетом особенностей потребления энергии графических адаптеров: диапазон повысили до 225-300 Вт на устройство. Для этого стали использовать новый в то время 2x4-пиновый разъем.

В 2010 году выпустили 3-ю вариацию интерфейса с показателем скорости в восемь гигатранзакций. Такой прорыв получилось совершить за счет новой схемы кодировки, когда 128 бит информации, которая проходит по шине, кодируется 130 битами. Девайсы с поддержкой этой версии стали доступны на рынке только в 2012 году.

ну вы не указали какая вторая шина данных но в любом случае работать будет потеряв от 0 до 2 процентов омщности пиково.
майнеры устанавливают pci 1.0 1x линию одну линию это 4 контакта если что в усб 3.0 больше контактов и скорость выше и не чё у майнеров всё чётко работатет потому что между процессором и картой там общение не активное особо .\
есть видео очень хорошее наглядно показывающее что просадка будет 0-2 процента пиково . всё дело в чём да в том что если стоит слабый процессор то и не важна какая линия процесор всё ранво не сможет перегрузить шину данных потому что он более слабый чем видеокарта а видекарте требует данных больше чем процессор способен ей дать и шина в данном случе не перегружается и не какой проблеммы с шиной нету . проблемма сама со всей системой что возможно вставить в устаревшую слабую материнскую плату .