Такая проблема: Компьютер видит оба жестких диска. На С:\ стоит винда, на Е:\ все остальное. Но диск Е:\ видит пустым, а

файловая скорее всего слетела, в досе можна грузануцца или с Live CD

Вы не сделали главной проверки, до всех этих дерганий с восстановлением и Acronis'ом (вот уж не люблю продукцию этой фирмы!) .
Перво-наперво нужно грузиться с LiveCD (в крайнем случае в безопасный режим) и выполнять обычную проверку диска на логические ошибки. Например,
chkdsk e: /f /x
После этого проверку на вирусы.

Догадываюсь, что диск Е новый. Отформатируйте его. Панель управления - админисрирование - управление компьютером - дефрагментация диска. На Е правой кнопкой мыши - отформатировать. После форматирования все будет.

Подозреваю, что autorun.inf здесь не причем, если ты пишешь, что Тотел командр тоже не помогает.
Не понял про это? "Я уже делал откат системы акронисом, ничего, все в пустую. " Если восстанавливал диск С, то понятно, что ничего не получил.
Повреждение файловой структуры - это возможно.
Акронисом пробуй восстановить поврежденный раздел или чекдиском (открой файл справки - все написано, с каким атрибутом и т. д. )

чекдиском - на твой страх и риск.

попробуй открыть командную строку и вбей комнду del E:\autorun.inf

Выполни проверку диска. И в безопасном режиме зайди и посмотри будет ли там информация видна, и проверь в нем же антивирусом.

Тотел командр поможет тебе на него авторан не работает, и через него сможешь удалить в любом случае FAR ом зайти должно получиться, ели не получиться то ты задолбил файловую систему напрочь ...

а ты попробуй нажать правым кликом на диске и выбрать пункт "открыть". Если получится и откроется диск - у тебя вирус.