в который суд нужно подавать ?

Письмом заказным с уведомлением и описью вложения, если арбитраж, то можно через интернет.

Если договор потребительский, то можно подать иск в суд по месту жительства в районный или мировой суд. А если договор по предпринимательской деятельности, то только в арбитражный суд по месту ответчика, если иное не написано в договоре. Порядок указан у Сергея Толстошеина.

Исходя из пояснений к вопросу ("... заключенный договор с одной компанией, .."... не перечислены на расчетный счёт ...") пришел к выводу, что Вы хотите подать иск в арбитражный суд.

АПК РФ Статья 35. Предъявление иска по месту нахождения или месту жительства ответчика

Иск предъявляется в арбитражный суд субъекта Российской Федерации ПО МЕСТУ НАХОЖДЕНИЯ ИЛИ МЕСТУ ЖИТЕЛЬСТВА ОТВЕТЧИКА.

Статья 36. Подсудность по выбору истца

1. Иск к ответчику, место нахождения или место жительства которого неизвестно, может быть предъявлен в арбитражный суд по месту нахождения его имущества либо по его последнему известному месту нахождения или месту жительства в Российской Федерации.
2. Иск к ответчикам, находящимся или проживающим на территориях разных субъектов Российской Федерации, предъявляется в арбитражный суд по месту нахождения или месту жительства одного из ответчиков.
3. Иск к ответчику, находящемуся или проживающему на территории иностранного государства, может быть предъявлен в арбитражный суд по месту нахождения на территории Российской Федерации имущества ответчика.
4. ИСК, ВЫТЕКАЮЩИЙ ИЗ ДОГОВОРА, В КОТОРОМ УКАЗАНО МЕСТО ЕГО ИСПОЛНЕНИЯ, МОЖЕТ БЫТЬ ПРЕДЪЯВЛЕН ТАКЖЕ В АРБИТРАЖНЫЙ СУД ПО МЕСТУ ИСПОЛНЕНИЯ ДОГОВОРА.
5. Иск к юридическому лицу, вытекающий из деятельности его филиала, представительства, расположенных вне места нахождения юридического лица, может быть предъявлен в арбитражный суд по месту нахождения юридического лица или его филиала, представительства.
6. Иски о возмещении убытков, причиненных столкновением судов, взыскании вознаграждения за оказание помощи и спасание на море могут предъявляться в арбитражный суд по месту нахождения судна ответчика или порта приписки судна ответчика либо по месту причинения убытков.
7. Выбор между арбитражными судами, которым согласно настоящей статье подсудно дело, принадлежит истцу.

Если в Вашем договоре прописан суд имеющий право разрешать споры по нему, имеете право обратиться туда.

А в договоре суд не прописан?