Полный, капитальный ремонт квартиры. Помогите распределить всё по порядку, что зачем должно следовать.

поклеить обои и потом менять окна не целесообразно ..
пол, окна, двери (без наличников) обои, плинтус ...

Из условий получения хорошего качества ремонта и оптимизации работ ИМХО приемлим следующий порядок проведения работ капитального ремонта.
- демонтаж дверей. Чтобы не мешали перемещению и для вариантов уменьшить, расширить. заложить дверной проем или даже слегка переместить его. Не всегда старые дверные блоки соответствуют современным стандартам по ширине и высоте. Подготовить дверные проемы под предполагаемые к установке дверные блоки - с учетом ширины полотен и дверныз коробок;
-снятие обоев, набелов, накрасов со стен и потолков, чтобы определить проблемные участки, требующие ремонта или замены. Отбить что не держится и отремонтировать ;
- проработать вопросы электрики. Так в ванную комнату наверняка необходимо заводить питание для стиральной машины и бойлера-подогревателя, а на кухню новую более мощьную проводку для техники- плит, панелей, микроволновок и т. д.. Наверняка появится желание изменить в комнатах расположение уже имеющихся разеток и выключателей, размещения стенных и потолочных светильников. Паралельно можно выполнить скрытой проводку телефонии, телевидения, интернет, сигнализации и т. д. Здесь проодумать оптимальные пути проводок для минимизации обьема штробления. Из личной практики -Проще штробы выполнять на стыках стены и потолка. Все вновь проложенные сети проверять до замазывания штроб. ;
- проработать вопросы с системами водоснабхения и отопления. Продумать, может стоит заменить старые батареи и разводку от стояков до батарей и кранов и смесителей. В любом случае на всех входах поставить шаровые краны для раковин, унитаза, стиральной машины (здесь не лишне поставить и кран автостоп для предотвращения затопов) . Ну и в плане экономии установить счетчики. на ХВС и ГВС.
Определится какой будет разводка в ванной и туалете в коробе или скрытой и установить короба или штробить и прятать трубы. Определиться где будет стоять ванна и раковины в ванне и на кухне, выполнить от них сливы;
-кафельные работы. В кухне это может быть или во всю стену до потолка по всем стенам или по отдельной стене, или отдельный участок стены между плоскостью кухонного набора и стенными шкафами, так называемый фартук. Кафелем нередко выкладывают пол и в коридорах и кухнях. Ну а ваной кафелем оформляют и стены и пол. ;
- замена окон и балконных дверей с установкой откосов (пластиковых, гипсокартонных, штукатурных или сендвич панелей) ;
-Штукатурка и шпаклевка потолков и стен. С ошкуриванием и прогрунтовкой. Тоесть полной подготовкой для покраски или оклеиваения обоев. ;
- вопросы ремонта пола. Деревянный - разборка старых доск, закрепление лаг и или полная замена лаг и досок. Бетонного - разделка выколов, выбоин, плохо закрепленного раствора, пропитка и ремонт ПЦС проблемных мест, Выравнивание наливным полом;
- покраска потолков и стен или покраска потолков и наклейка обоев, ;
- навеска люстр, светильников, гардин, багетов, разеток;
- устройство чистового пола, линолиума, ламината или шпаклевка и покраска деревянного. ;
- установка межкомнатных дверей, опанелки и плинтусов и порожков.
-

Если сантехнику не менять - то сначала окна, потом полы, потом двери, а потом уж все остальное. Иначе говоря, в первую очередь более грязные работы. Можешь вот здесь http://mastremont.ru/publ/spravochnik/dopolnitelnaja_informacija/sovety_nachinajushhim_kak_delat_remont_kvartiry/89-1-0-1083 поподробней почитать как и в какой последовательности делают ремонт

окна я бы изначально начала, несдирая с них защитной пленки

Посмотрите здесь http://mastremont.ru/index/porjadok_remonta/0-8

Порядок ремонта и полное описание каждого этапа+мастер класс
на сайте Ремонтофил. ру.
Прям на главной.
От стяжки пола (разные варианты) до отделки. Есть и видео и инструкции в картинках. :)