Что нужно учитывать при постройке дома, на водоохранной зоне?

На водоохранной? )
Сначала запастись кипой разрешительных документов от властей, что лет через ...цать ваш дом не признают незаконной постройкой и не снесут, ибо водоохранные зоны -такие водоохранные... (погуглите интернет, сколько случаев уже таких было...)
Ну и грунтовые воды... по хорошему, нужно вызывать инженера-геодезиста, чтобы он с фундаментом все по уму рассчитал, иначе фундамент (подвал и тд) будет постоянно подтапливать по весне и не только.
У нас в гараже так, грунтовые воды стоят почти по стеллажи, картошка еле спасается, а потом сырость, влажность...
Я бы потратилась на заключение специалиста, прежде, чем делать что-то капитально. Опыт с гаражом научил )

Водный кодекс, ст. 65.
Продумайте системы удаления отходов, канализование, стоки. Все должно быть изолированным.

...подумать, а можно ли там вообще что-то строить???

В водоохранной зоне ничего нельзя строить, насколько знаю
Там на каждый сарай и скамейку надо уйму документов

Может пригодится: у нас тут заповедник на заповеднике, и старые дома сносить и строить новые-это вагон разрешений, в России, смотрю, так же, попробуй, как хитрые фины, не отстраивать заново, а оформить реконструкцию, те прямо по ходу часть дома разбираешь и строишь, а не сносишь и новый ставишь:) а по вопросу поднимают фундамент, но пол подвала все равно битумом пол заливают, отводят воду, вокруг дома отвал делают, но это надо спеца вызвать, он лучше, на месте посоветует, но все возможно

То, что есть старый дом и на него есть все документы о собственности - это одно. А строительство нового, даже на этом же месте - это уже другая песня. Тут старые документы не катят. И вопрос, дадут ли вообще разрешение на строительство - любая стройка связана с использованием грузовой и строительной спецтехники, а в природоохраняемых зонах это часто запрещено.