Бывают ли такие участки, где по геологии капитальные дома вообще строить нельзя?

Если речь о частном доме, то нет нерешаемых проблем. Под любой грунт можно рассчитать фундамент. Хоть там подземное озеро, хоть карстовая пещера, хоть болото. Вопрос только в финансовой возможности.

Лично знаю один город, в котором никогда не построят дома, выше и массивнее стандартных пятиэтажек-хрущёвок. Никакой стройнадзор не разрешит именно по нагрузкам на грунт ((( А в некоторых местах города и до трёх этажей тол ко строят...

Не забывайте проверить излучения разных свойств из под земли.
Это тоже подлежит проверке.

По рельефу - точно, есть. Под оползневым склоном, к примеру, и т. п.
А по грунту - просто дороже будет. Уровень вод вообще до фени.
В Калининграде на острове реки - 19 м ила, построен в 1333 г. кафедральный собор, на дубовых сваях - стоит. А там же Балтфлот строил многоэтажки - отсутствие контроля при изысканиях и работе, буровики натуфтили, что ила меньше, а кто забивал сваи - били до проектной глубины, а не до твёрдого грунта - пришлось потом дома разбирать, кренились.
В Арх. обл. на моховых болотах ставят деревянные дома: кладут под углы и под
стены толстенные брёвна лиственницы, и на них - сруб.
А сейчас технологии - к примеру, на бетонной плите, а не на фундаменте.
Всё от денег.

Конечно.

Если под землей течет река, многоэтажку на этом месте не построят.

Конечно есть. Но в Китае к примеру об этом не слыхали: