могут ли сотрудники госконтрольнадзора быть понятыми при обыске в квартире

Конечно НЕТ!
При обыске обязательно должны присутствовать не менее двух понятых, а также сам хозяин помещения или ближайшие его родственники. Если обыск проводится одновременно в двух комнатах, необходимо чтобы в каждой комнате присутствовали двое понятых и хозяева или члены его семьи. Результаты обыска считаются недопустимым доказательством в суде, если присутствовал один понятой.

Кстати, фигура понятого чрезвычайно важна. Это должен быть человек нейтральный, никак не связанный со следствием. И не находящийся с кем-либо из участников следственного действия в родстве. У милиции нередко имеются «штатные» понятые. Как правило, это люди, находящиеся «на крючке» , или же получающие от милиции какое-либо вознаграждение. Такие люди готовы подписать все, что требуется следствию. Вот почему необходимо изучить всю информацию о понятых. (Она должна быть в протоколе) Фамилии, адреса, род занятий… Впоследствии эта информация может вам пригодиться. Любое нарушение здесь может сделать протокол обыска недопустимым доказательством по делу.

Копия протокола, где упоминаются изъятые вещи, должна быть вручена вам. Тщательно ее изучите. При этом действии нередко происходит воровство.

для начала вы бы пояснили- что это за таинственная организация "ГОСКОНТРОЛЬНАДЗОР"??
Госконтроль и надзор в России осуществляет большое количество ведомств.
Какое конкретно ведомство вы имели в виду?

а почему нет? если они не заинтересованы и находятся не при исполнении? ли с другого региона?

Могут. Но при условии что в данный момент не находятся при исполнении и не заинтерисованы в результате. А так мимо проходили.