Если служащий выполнял приказ руководителя с нарушением своих собственных инструкций, кто понесет наказание?

Будет возражать- требуйте проведения очных ставок и допросов свидетелей.

Ссылка на поручение начальника должна быть подкреплена некой бумажкой, которой, как я понимаю нет. А как говаривают без бумажки ты...

На примере метрополитена могу сказать что если машинист нарушил собственные служебные инструкции повинуясь прямому приказы начальства - спросят все равно с него и как раз то самое начальство в первую очередь.

нет конечно-если нет письменного указания-как в армии-требуют приказ-еще и письменный если вопрос важный-чтоб бумажка была, естесвенно халатность-потому что она и выражается в невыполнении своих обязанностей-а уж каким образом-дело десятое-то ли пил без просупа, то ли понадеялся на "авось" формально их не выполнил, как скажем забыл задраить илюминатор на подлодке-а она потопла когда погрузиться пыталась-ну и что что капитан бухой сказал-А И ТАК СОЙДЕТ! ! АВОСЬ НЕ ЗАТОПНЕМ!!! -должен ведь был? раз по боевому приказу числишься "закрыватель илюминаторов":))) голова она ведь для чего-чтоба думать:))

Наверняка, он распорядился устно. Так что, вам страдать.

В таких случаях руководитель часто делает упор на то, что он никаких распоряжений не давал. Ему проще получить за слабый контроль, чем нести ответственность за противоправные распоряжения. Но если у Вас нет доказательств того, что шеф требовал противоправные действия совершать, доказать что-то будет очень тяжело.

Разумеется подчинённый.
Я начальник-ты дурак

работодатель

для полного ответа недостаточно вводных данных)))