Могу я взыскать с системы мвд моральный иск за фальсификацию уголовного дела по прошествии 16 лет?

Вам для начала приговор в отношении Вас пересматривать надо, а уже после говорить о реабилитации и возмещении вреда.

да. даже репрессированным десятилетия назад дела пересматривают и выплачивают компенсацию.

Статья 135. Возмещение имущественного вреда

1. Возмещение реабилитированному имущественного вреда включает в себя возмещение:

1) заработной платы, пенсии, пособия, других средств, которых он лишился в результате уголовного преследования;

2) конфискованного или обращенного в доход государства на основании приговора или решения суда его имущества;

3) штрафов и процессуальных издержек, взысканных с него во исполнение приговора суда;

4) сумм, выплаченных им за оказание юридической помощи;

5) иных расходов.

2. В течение сроков исковой давности, установленных Гражданским кодексом Российской Федерации (ТРИ ГОДА, прим. автора) со дня получения копии документов, указанных в части первой статьи 134 настоящего Кодекса, и извещения о порядке возмещения вреда реабилитированный вправе обратиться с требованием о возмещении имущественного вреда в суд, постановивший приговор, вынесший постановление, определение о прекращении уголовного дела и (или) уголовного преследования, либо в суд по месту жительства реабилитированного, либо в суд по месту нахождения органа, вынесшего постановление о прекращении уголовного дела и (или) уголовного преследования либо об отмене или изменении незаконных или необоснованных решений. Если уголовное дело прекращено или приговор изменен вышестоящим судом, то требование о возмещении вреда направляется в суд, постановивший приговор, либо в суд по месту жительства реабилитированного.

То есть у Вас было три года (с 1998 этот срок предъявления претензий не изменился) вы можете подать иск, это Вам никто не запретит, иск примут к производству, но государевы представителя заявят о применении последствии пропуска исковой давности. Так что иллюзий не питайте, простите, но сами виноваты, что так долго протянули.

по поводу взыскать под большим сомнением. 500 причин найдут. А вот побороться за свои права в суде стоит.