Возможно ли применение норм статьи 127 УК РФ к должностным лицам или же к компании в целом как к субъекту?.

Знаете, уважаемый, описанные меры, на мой взгляд, никак не подходят под дискриминационные. Сужу об этом исходя из личного опыта работы на п/я ещё в достославные времена СССР.
Ну так вот, тогда о магнитных картах никто и слыхом не слыхивал; пропуска подавляющего большинства работников режимного предприятия хранились на проходных, где выдавались охраной при входе на работу, изымались при выходе на обед или по окончании рабочего дня и помещались в соответственную номерную ячейку. Причём, на этих пропусках стояли пиктограммы, из которых было ясно охраннику - под каким режимом находится данный сотрудник, т. е. время начала рабочего дня, время его окончания и время обеда.
В общем, ежели сотрудник опаздывал хоть на минуту (!), пускали его только с "объяснилкой" - это масенький заготовленный бланк, где опоздавший пишет время прихода, ставит автограф и относит копию начальнику своему, в то врем как оригинал бланка следует в отдел кадров, где ожидают отчёт от начальника работника о принятых действиях. Как правило это было лишение премий.
Будете смеяться, но никто не возражал по поводу таких "дискриминаций", а порядка было гораздо больше чем в нынешних офисно-планктонных конторах. Никого ж не держали силком на работе. Если нужно было уйти раньше по своим делам - писалась бумазея начальнику отдела с просьбой отпустить на час-два-три раньше, подписанная им вручалась охраннику на проходной, и он спокойно открывал турникет на выход. Такие "безработные" часы раз в месяц суммировались бухгалтерией и учитывались при подсчёте зарплаты. Ну и чего тут несправедливого?
***
Комментарии к статье 127 УК РФ

Нет, не получится!

Компанию невозможно привлечь к уголовной ответственности

в данном случае нет

Если ты согласился на такую работу, то в чем проблема. Уголовной ответственности у работодателя здесь не наблюдается

Субъектом преступления может быть только частное лицо, достигшее шестнадцати лет. Должностные лица за незаконное лишение свободы несут ответственность как за злоупотребление должностными полномочиями, превышение полномочий или за преступления против правосудия. В этих случаях основным критерием разграничения с преступлениями, связанными с незаконным лишением свободы, служит субъект преступления - является ли он частным или должностным лицом.

нет

Во-первых юридические лица субъектами уголовного права не являются, хотя данный вопрос уже много лет остаётся оспариваемым. Вообще вам нужно внимательно прочитать договор трудового найма, если такой имеется, и выяснить, имеется ли данное положении об ограничении времени свободного выхода или же нет, в данном договоре. В целом, многие компании следят за распорядком дня своих сотрудников, и в этом нет ни чего плохого, так как данное время, скорее всего, является временем отдыха, как правило составляющем 2 часа в течение одного рабочего дня, и делается это с целью повышения вашей же работоспособности.

Конституция.