Могут ли сейчас глав. врачи ЛПУ сами назначать зарплату сотруднику, помимо оклада и % за стаж, вредность?

Нет .Существует положение о выплатах стимулирующего характера .В начислении участвует комиссия . Право главного врача согласиться или нет с начисленными баллами в денежном выражении .

Ну... Начнем с того, что у нас есть 2 вида ЛПУ (МО) - государственные и коммерческие. И, права у них разные. Но, предположим, что ты спрашиваешь про государственные больницы.
Могут. Главный врач все может. Та нищенская зарплата, которая идет по федеральному закону и те стимулирующие, которые идут по другому федеральному закону - это ГАРАНТИРОВАННЫЙ ГОСУДАРСТВОМ МИНИМУМ, чтобы человек не сдох от голода. Больше платить можно, МЕНЬШЕ НЕЛЬЗЯ!
Но. есть засада.
Главный врач должен обосновать (приказом) почему он платит сотруднику больше.
В основном, главные врачи больниц - идиоты, и ничего обосновать они не могут, да и не хотят. Поэтому, в нашей стране большинство врачей получает нищенскую зарплату равную 7 тысячам рублей в месяц + стимулирующие не выше 30% от уровня зарплаты. А, чтобы получить больше, врач должен отработать в 2,3 или даже 4 раза больше положенного и по нагрузке и по времени.
Исключения бывают крайне редко.
У нас в области был уникальный врач (его пациент застрелил), который очень лихо ставил диагнозы, лихо лечил, и весь местный кабмин был ему должен, поскольку он не раз спасал их детей от смерти. Так, главнюку настоятельно порекомендовали, и... при расчете зарплаты у этого врача применялся коэффициент 15 (обычную минимальную зарплату умножали на этот коэффициент) и врач получал от 160 до 200 тысяч ежемесячно. И, когда приходила любая КРУ, ревизия, финансовая проверка, и она натыкалась на эту зарплату, и задавала вопрос: "Почему?" им просто говорили - "ну это же... (тут называлась фамилия врача)" И все проверяющие улыбались, затем хмурились и грозно говорили: "Мало платите! Смотрите! Если уедет в Москву, сожрем вас заживо!"
Закона запрещающего платить врачам больше, чем им платят сейчас - НЕТ!

Зарплату НЕТ... А вот надбавки к ней???

могут

Могут если собес позволит.