Нужно обращаться в органы опеки и попечительства по месту регистрации ребенка или фактическому проживанию?

С иском о лишении родительских прав надо обращаться в суд. Органы опеки привлекаются к участию в деле в качестве третьего лица.
Статья 69 СК РФ. Лишение родительских прав

Родители (один из них) могут быть лишены родительских прав, если они:
уклоняются от выполнения обязанностей родителей, в том числе при злостном уклонении от уплаты алиментов;
отказываются без уважительных причин взять своего ребенка из родильного дома (отделения) либо из иного лечебного учреждения, воспитательного учреждения, учреждения социальной защиты населения или из аналогичных организаций;
(в ред. Федерального закона от 24.04.2008 N 49-ФЗ)
злоупотребляют своими родительскими правами;
жестоко обращаются с детьми, в том числе осуществляют физическое или психическое насилие над ними, покушаются на их половую неприкосновенность;
являются больными хроническим алкоголизмом или наркоманией;
совершили умышленное преступление против жизни или здоровья своих детей либо против жизни или здоровья супруга.

По последнему месту жительства отца.

Добавлю еще, что в суд по месту жительства или регистрации ответчика (бывшего мужа) , если он живет очень далеко, то можно даже заказным письмом

А в чем дело почему вы хотите лешить его прав, он не учавствует в воспитании, не платит, или еще что то страшное делает?
Но если он делает какие либо официальные отчисления, можете никуда не ходить все равно ничего не получится... .
А вот если он уклоняется от уплат и вообще не принимает участия то подавайте в суд и все, в суд по месту прописки мужа.