Подскажите как правильно поступить в такой ситуации

В какой?

для начала нужно понять как отец супруга передал квартиру в собственность по договору купли продажи или подарил если подарил то хреново хотя если не прошло 3-х лет то папаша может отозвать дарственную конечно же если он на стороне внука. если она в собственности то может так же подлежать разделу. кроме того компанию можно и нужно полностью перевести на сына сославшись на какие-нибудь проблемы типа уход от налогов лучше всего конечно сделать его единственным учредителем тогда в случае развода компания останется в семье, по поводу дома здесь нужно четко аргументировать собрался заводить новую семью заводи только с чем пришел с тем и уходи. в случае чего можно разделить дом и выкупить по оценочной стоимости БТИ. а это недорого. зря сын молчит если сын любит мать он вправе заступится за мать и просто показать эти смс или письма отцу с вопросом Что за дама пишет и пусть отец даст разьяснения по какой причине эта дама лезет в его жизнь. Пока сам супруг молчит начните с компании пока сын не в армии это дело одного дня. а женщине нужно не принимать всё как есть авось уляжется а подготовится потому что дамочка с пузиком скоро начнет качать права и оставит всех в одних трусах.

я чето не улавливаю связи между беременностью любовницы и вашей собственностью ..Если Вы хотите спросить о разделе имущества, тогда прописка, т. е регистрация по месту жительства на право собственности не влияет.. Делиться совместно нажитое имущество будет пополам.. Если "переписанная" двухкомнатная квартира была по договору дарения, тогда Вы в пролете.. Чего хочет муж после того, когда сын уйдет в армию не понятно, по всей видимости уйти от Вас..

не полные данные.
чей дом когда был приобретен.
потом квартира подарена или куплена.
и еще забутьте слово прописка - его нет в обиходе!! !
пишите конкретней

ни один юрист в данной ситуации без просмотра всех документов совет не сможет дать, максимум какие либо предположения. Думаю в вашей ситуации есть куча не договоренного со стороны супруги, если будите работать с ними берите 100% предоплату, так как и ваша и противоположная сторона могут передумать все перевернуть и более того отказаться от своих слов

Немного бессвязное повествование.
Не понятно на счет чего автор хочет получить совет.
Основных вопросов я так понимаю как минимум три:
1. Что делать с нерешительным супругом, который не то боится сознаться, не то выжидает чего то.
2. Тут же и неоформленный вопрос о разделе имущества, который последует в следствии возможного развода: каким образом влияют измена супруга; ребенок от другой женщины; свидетельство о неравномерном распределении труда в семье; а так же этакое нечто как "прописка" на бракоразводный итог. И каким образом все это можно/нужно использовать.
3. Необходимо ли какое либо свидетельство со стороны сына, и нужно ли отсрочивать его ( то бишь сына ) службу.
Создается впечатление, что все таки данный текст написан не "cупругой", а сыном, который волнуется за мать.
Так что автор, ждемс от вас конкретного вопроса, а не сумбурной констатации ситуации.