Наследство, оспаривание отцовства. Как поступить?

Обжаловать обязательно судебный акт.

Общий срок исковой давности З года. Отсчитывается он от момента, когда лицо узнает о нарушении своих прав. Логично этой датой считать тот день, когда ему стало известно об объявлении его умершим, и он обратился в суд для так сказать своего воскрешения из мертвых. Но на это никак не могло уйти З года! Либо срок не пропущен, либо он непонятно, чего ждал все это время.
По поводу дочери. Если человек знает, что ребенок не его, и не возражает против того, что его записали отцом, логично решить, что он признал отцоство. Исход дела более, чем сомнителен. И к тому же, это не решило бы вопроса- вам уже это сказали.

Оспаривание отцовства это другие "котлеты". Живы, все имущество вернется к Вам и без оспаривания отцовства. Неизвестный все написал.
А далее, оспаривайте и распоряжайтесь своим имуществом на случай своей настоящей смерти, по своему усмотрению: либо наследники получат по закону, либо по завещанию. Оспорите отцовство-дочери нет, вопрос с наследством отпадает.

А где ты раньше был?

Кто Вам такое сказал, никакой исковой давности здесь нет.
В соответствии со ст. 46 ГК РФ в случае явки гражданина, объявленного умершим, суд отменяет решение об объявлении его умершим.
Независимо от времени своей явки гражданин может потребовать от любого лица возврата сохранившегося имущества, которое безвозмездно перешло к этому лицу после объявления гражданина умершим, за исключением денег, а также ценных бумаг на предъявителя, которые не могут быть истребованы от добросовестного приобретателя.
Лица, к которым имущество гражданина, объявленного умершим, перешло по возмездным сделкам, обязаны возвратить ему это имущество, если доказано, что, приобретая имущество, они знали, что гражданин, объявленный умершим, находится в живых. При невозможности возврата такого имущества в натуре возмещается его стоимость.
В вашем случае имущество перешло в порядке наследования, т. е. безвозмездно, поэтому требуйте его возврата. А оспаривание отцовства ни к чему не приведет, т. к. доказав, что это не Ваша дочь, все имущество перейдет к жене как к наследнице первой очереди.