Можно ли давать и брать деньги под проценты на основе физического лица-предпринимателя?

Должен Вас разочаровать: чистая кредитная деятельность ЧП запрещена (ст. 819 ГК РФ) . Однако Вы можете использовать товарный и комерческий кредит.
Однако, используя товарный кредит, Вы должны учесть два фактора. Предметом товарного кредита являются только вещи. Во-вторых, согласно ст. 822 и п. 1 ст. 809 по договору товарного кредита возвращается равное количество полученных вещей того же рода - т. е. нельзя дать в кредит имущество, а получить деньги.
Если же говороить о комерческом кредите, то Вы можете использовать такие его виды как: предоплата, аванс, отсрочка, рассрочка. Не думаю, что Вам нужно объяснять сущность этих терминов. Замечу, что договор комерческого кредита - это сопутствующее обязательство к основному договору, например договору купли-продажи.

Что же касается договора займа, то по данному договору одна сторона (заимодавец) передает в собственность другой стороне (заемщику) деньги или другие вещи, определенные родовыми признаками, а заемщик обязуется возвратить заимодавцу такую же сумму денег (сумму займа) или равное количество других полученных им вещей того же рода и качества. Договор займа считается заключенным с момента передачи денег или других вещей (п. 1 ст. 807 ГК РФ (Гражданский кодекс РФ)) . Сторонами договора займа могут быть как граждане, так и юридические лица.
Как следует из ст. 809 ГК РФ (Гражданский кодекс РФ) , договор займа может быть как возмездным, так и безвозмездным. Возмездный договор займа предусматривает уплату процентов за пользование заемными средствами. При безвозмездном договоре исполнение заемщиком обязательства ограничивается возвратом долга. В соответствии с п. 1 ст. 809 ГК РФ, если иное не предусмотрено законом или договором займа, заимодавец имеет право на получение с заемщика процентов на сумму займа в размерах и в порядке, определенных договором.
Таким образом, заключение между юридическим лицом и ИП или между ИП и физическим лицом договора займа денежных средств законодательством не запрещено.

Об особенностях договора займа можете посмотреть здесь:
http://www.volgograd.ru/theme/jurist/dog/29251.pub