Обязаны ли налоговые органы осуществить возврат,если имеет место переплата в краевой бюджет и недоимка в федеральный?

отвечу коротко.
1. зачет правомерен, неизвещение о нем неправомерно. (попутный вывод - если предстоящие платежи уже исчислены, и переплаты за счет этого не осталось, то ее не вернуть, зато платить меньше))) .
2. и НДС, и налог на прибыль организаций - федеральные налоги, то есть налоги одного уровня. в соответствии с действующей в настоящее время редакцией НК РФ (имею в виду именно излишнюю уплату, а не НДС к возмещению по ст. 176) возможен зачет между налогами только как раз одного уровня. то есть, исходя из условий задачи, будет произведен возврат НДС в сумме 1000 руб. и зачет на сумму 1500 руб. в счет погашения недоимки по налогу на прибыль организаций.

В соответствии со ст. 78 НК РФ переплаченные налоговые платежи подлежат зачету или возврату по вашему желанию (заявлению) . Обычно налоговые органы проводят совместную проверку и оформляют результаты актом (по НК РФ налоговые органы обязаны известить Вас о переплате в течении 10 дней) и на основе данных акта сверки письменно излагаете свое желание о зачете или возврате. При наличии недоимок по другим налогам соответствующего вида, штрафов и пеней зачет производится налоговыми органами самостоятельно. Что касается сроков подачи заявления-три года с даты переплаты. В вашем случае речь идет о бюджете различных уровней, поэтому зачет невозможен. По первому варианту: действия налоговых органов правомочны и законны (ст. 78 НК РФ, п. 5). По второму варианту: Вам необходимо произвести возврат НДС, а по налогу на прибыль ликвидировать задолженность.

Налоговые органы и бюджетные организации никогда не делают возврат переплаченных сумм. По правилам, они обязаны зачесть сумму переплаты в счёт будущих платежей.
По второму варианту также как правило перезачёт на платежи разных назначений не делается. Сумма переплаты по одному назначению будет зачтена в счёт будущих платежей по этому же назначению, а по другой статье вам придёт делать доплату в размере недоплаченной суммы.

Налоговая имеет право при отсутствии каких либо заявлений со стороны налогоплательщика зачесть переплату по налогу в счет уплаты будущих платежей либо в счет недоимки по пени. При возврате налога они будут смотреть, по какому налогу у вас недоимка (при этом особенное внимание будут обращать на бюджет - местный, областной или федеральный) А вообще при возврате она просят погасить долги по всем налогам.