Если платеж за услуги совершен двумя платежами по 50%,то готовится счет-фактура на всю сумму или на каждый из платежей?

Два счета-фактуры, это с НДС связано
Статья 154 НК РФ. Порядок определения налоговой базы при реализации товаров (работ, услуг)
При получении налогоплательщиком оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг) налоговая база определяется исходя из суммы полученной оплаты с учетом налога. В налоговую базу не включается оплата, частичная оплата, полученная налогоплательщиком в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг) :
Постановление N 914
9. При частичной оплате принятых на учет товаров (выполненных работ, оказанных услуг) , имущественных прав регистрация счета-фактуры в книге покупок производится на каждую сумму, перечисленную продавцу в порядке частичной оплаты, с указанием реквизитов счета-фактуры по приобретенным товарам (выполненным работам, оказанным услугам) , имущественным правам и пометкой у каждой суммы "частичная оплата".
13. Покупатели, перечисляющие денежные средства продавцу (в том числе налоговым агентам, указанным в пунктах 4 и 5 статьи 161 Налогового кодекса Российской Федерации) в виде оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг) , передачи имущественных прав, регистрируют счета-фактуры по этим средствам, полученные от продавцов, в книге покупок в целях определения суммы налога на добавленную стоимость, предъявляемой к вычету в порядке, установленном главой 21 Налогового кодекса Российской Федерации.
Счета-фактуры, выписанные и зарегистрированные продавцами (в том числе налоговыми агентами, указанными в пунктах 4 и 5 статьи 161 Налогового кодекса Российской Федерации) в книге продаж при получении суммы оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг) , передаче имущественных прав, в том числе при использовании покупателем безденежной формы расчетов, регистрируются ими в книге покупок при отгрузке товаров (выполнении работ, оказании услуг) в счет полученной суммы оплаты, частичной оплаты с указанием соответствующей суммы налога на добавленную стоимость.
18. При получении денежных средств в виде оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг) , передачи имущественных прав продавцы регистрируют в книге продаж счета-фактуры, выставленные покупателю на полученную сумму оплаты, частичной оплаты.
А вот второй счет - на сумму поставки

На всю сумму.