В 2010г. буду продавать автомобиль, который находится в собственности менее 3-х лет.

Как показывает практика, налоговые органы редко подобными вещами "заморачиваются" (вот если Вы поставите сумму продажи тысяч 10 или, например, очень близко к вычету, скажем 249 - 250...). Но, в Вашем случае, сумма продажи вполне реальная, к рыночной (я так понимаю) близкая. Так что не переживайте: можете смело применить вычет в 250 тыс. руб. !
Декларацию Вам действительно предоставить придется. В ней будет указана (я пользуюсь Вашим примером) :
- доход в сумме выручки за машину - 200 тыс. руб.
- вычет в сумме 200 тыс. руб. (так как сумма выручки в пределах максимального вычета - меньше 250 тыс. руб. , то всю сумму на вычет и ставим)
- налог к уплате 0 руб.
К декларации прикладываете копию договора купли-продажи.
Если Вы направите декларацию своевременно (не в последние дни, не после напоминаний из налоговой) , то претензий к Вам возникнуть не должно

кроме вычета 250000 есть еще вычет в сумме документально подтвержденных расходов. То есть, если машина приобретена за 300000 и есть подтверждающие документы, то продать ее можно не дороже 300000 (чтобы не было налога) . К декларации приложить документы на покупку данной машины и на продажу.
ЗЫ к предыдущему оратору "Если Вы направите декларацию своевременно (не в последние дни, не после напоминаний из налоговой) , то претензий к Вам возникнуть не должно" Какие могут быть претензии при сдаче декларации в последние дни? Кодексом установлен срок - не позднее 30 апреля, и сдадите вы ее 1 февраля, 1 марта или 30 апреля - претензий не будет.