Кто должен быть ответчиком по данному делу?

Я бы ответила что сейчас никто. Но очевидно задачка из старого сборника, поэтому ответчиком будет орган исполнительной власти - министерство финансов области. При этом если общество не является получателем бюджетных средств требовать компенсацию оно не может (в иске будет отказано) . Обратите внимание что ст. 238 БК РФ утратила силу с 1 января 2008 г.

Согласно статье 162 Бюджетного кодекса Российской Федерации (в редакции до 01.01.2008) получатель бюджетных средств – бюджетное учреждение или иная организация, имеющие право на получение бюджетных средств в соответствии с бюджетной росписью на соответствующий год. В силу статьи 6 Кодекса (в редакции Федерального закона от 26.04.2007 N 63-ФЗ) получатель бюджетных средств (получатель средств соответствующего бюджета) – орган государственной власти (государственный орган) , орган управления государственным внебюджетным фондом, орган местного самоуправления, орган местной администрации, находящееся в ведении главного распорядителя (распорядителя) бюджетных средств бюджетное учреждение, имеющие право на принятие и (или) исполнение бюджетных обязательств за счет средств соответствующего бюджета, если иное не установлено Кодексом.

В соответствии со статьей 238 Кодекса (в редакции до 01.01.2008), если в течение нормативного срока лимит бюджетных обязательств не финансируется в полном объеме, за исключением случаев, определенных статьями 230 и 231 Кодекса, получатель бюджетных средств имеет право на компенсацию в размере недофинансирования. Недофинансирование означает разницу между лимитом бюджетных обязательств, доведенных в уведомлении о лимите бюджетных обязательств до получателя бюджетных средств, и объемом средств, зачисленных на лицевой счет получателя бюджетных средств, либо объемом средств, списанных с единого счета бюджета в пользу получателя бюджетных средств, в период действия лимита бюджетных обязательств с учетом положений статей 224, 230 и 231 Кодекса. Компенсация в размере недофинансирования осуществляется в соответствии с судебным актом. Статья 238 Кодекса утратила силу с 01.01.2008 в соответствии с Федеральным законом от 26.04.2007 N 63-ФЗ.

Далее необходимо обратиться закону о республиканском бюджете и посмотреть каков порядок выделения данных ассигнований и кто представляет в Минфин заявки на финансирование необходимой суммы ассигнований. И кто там является получателем бюджетных средств в соответствии с выписками из бюджетной росписи и соответственно кто обладает правом на получение компенсации в размере недофинансирования.

Вообще в литературе неоднократно отмечалось, что отношения, возникающие между публично-правовым образованием и получателем бюджетных средств по поводу финансирования последнего, и, следовательно, вытекающие из указанных бюджетных правоотношений требования о компенсации в размере недофинансирования не могут составлять предмета судебной деятельности. А это, в свою очередь, означает то, что требования о компенсации в размере недофинансирования не могут быть предметом судебного рассмотрения.
В силу чего и был отменен пункт 3 статьи 238 Бюджетного кодекса РФ Федеральным законом N 63-ФЗ от 26 апреля 2007 г. , а потом и вся статья. Ненужная оказалась.

вот как вопрос ставят так и отвечать надо :
"Оно обратилось в суд с иском о компенсации в размере недофинансирования в соответствии со ст. 238 БК РФ. "
Кто оно? и к кому оно обратилось, причем уже? т. е. ответчик тот к кому ОНО обратилось - вот и вся задача. по-моему так

Кто должен быть ответчиком? МинФин Правительства области.