Руководитель учреждения заключает договор на приобретение материальных ценностей у определённой фирмы,

Уважаемая Ольга, попробуйте предложить вашей ЦБ ознакомиться с Федеральным законом от 21.11.96 № 129-ФЗ) "О бухгалтерском учете".
В нем отражены основные принципы бухгалтерского учета.

Принципы бухгалтерского учета:

принцип непрерывность деятельности. Суть этого принципа заключается в том, что предприниматель будет существовать в обозримом будущем и продолжать свою деятельность;
принцип имущественной обособленности, который означает отдельное ведение учета активов и источников их образования;
принцип последовательности. Его сущность состоит в том, что принятые предпринимателем способы и методы ведения учета будут соблюдаться в течение достаточно долгого времени, пока не возникнут причины для их изменения;
принцип полноты. Он реализуется путем сплошной регистрации имевших место в учетном периоде фактов хозяйственной деятельности;

принцип временной определенности. Согласно этому принципу все факты хозяйственной деятельности должны отражаться в том отчетном периоде, где они имели место независимо от времени поступления денежных средств;
принцип своевременности означает своевременное отражение фактов хозяйственной деятельности в бухгалтерском учете и бухгалтерской отчетности;

принцип двусторонности (двойной записи) или обязательное равенство активов организации с источниками их образования на любую дату;
принцип денежного измерения означает, что в бухгалтерский учет активов, обязательств и хозяйственных операций ведется в едином денежном измерителе (валюте РФ) .

Это основные принципы бухгалтерского учета, которым неукоснительно нужно следовать.

Принцип временной определенности-это как раз ваш случай!! !

И еще можно напомнить, что существует такое понятие, как предварительная оплата (аванс) .

А вообще верится с трудом, что такие претензии ЦБ могут в принципе иметь место.

И еще вопрос: откуда может взяться накладная, в которой вас требуют расписаться, если товар не поставлен?? ?

Может быть в договоре следовало прописать, что оплата производится путем перечисления аванса?