человек сдавал юр лицу помещение в аренду с арендной платы не платил налоги в течении 3 лет. Сейчас хочет сам заплатить.

Начнем с того, что если в аренду сдавало физическое лицо, то налоги с выплачиваемых ему доходов платит юридическое лицо, то есть арендатор. Поэтому до обращения в налоговую надо бы сначала получить справку от юридического лица о том, платили они налоги или нет: вернуть переплаченный налог будет сложнее.
К сожалению, если налог не платился, то Ваши проблемы может минимизировать либо профессиональный бухгалтер, либо налоговый консультант - необходимо заполнять декларацию и определять сумму налога к доплате. Кроме того, как правильно сказал "ВВЛ", необходимо также определить сумму пени за просрочку уплаты налога во избежание уплаты штрафа.
Если в налоговой сидят "церберы кровожадные", то могут еще и за неподачу декларации оштрафовать...

Если до налоговой проверки сам заплатит, то то только пени начислят, если ИФНС факт неуплаты установит, то еще и штраф от 20% до 40% (НК РФ)

Я тебе не завидую))

а какие минимальные проблемы? Оплатить налоги, штрафы, пени. Для этого достаточно либо обратиться в налоговую, либо тупо заплатить все налоги и ждать, чего там налоговая придумает

если сдавалось юр. лицу надо внимательно посмотреть договор. выступало ли юр. лицо налоговым агентом. если в договоре прописано, что юр. лицо является налоговым агентом, то сумма полученного вознагражждения за аренду от данного юр. лица уже получена за вычетом налогов. в этом случае физ лицу ничего не надо делать. все проблемы у юрика. если этого нет, физик обязан подавать налоговую декларацию до 30 апреля за предыдущий год. если не подавали то могут оштрафовать за неподачу со всеми вытекающими. если подавали но не указывали весь доход, то можете смело подавать уточненную декларацию, платить налоги и вам за это ничего не будет. если даже налоговая вас попытается оштрафовать, обращайтесь в суд 100% выиграете дело. но это в том случае если вы подаете уточненную декларацию.