Как можно привлечь к ответственности приходящего бухгалтера в ИП?

Привлекайте бухгалтера к ответственности в соответствии с условиями заключенного договора с ним. Нет договора - нет ответственности.

А что делать - доплатить налоги.

Налоги, несомненно, доплачивать. Чем дольше будет висеть сумма, тем больше пеней/штрафов вам накапает. Идёте в налоговую, запрашиваете сверку, платите.
Всё остальное смотрите по факту. Выше вам уже расписали.

В таком случае взыскать понесенный Вами ущерб можно с главбуха в судебном порядке.
Но: во-первых, в соответствии со ст. 392 ТК РФ обратиться за разрешением такого спора работодатель может в течение года со дня обнаружения такого ущерба. Во-вторых, не совсем понятно, что вы понимаете под словом «приходящий» ? Т. е. никак не оформленный? Или оформленный по договору подряда? Если ответ хотя бы на один из последних вопросов – «да» –взыскать ущерб можно, но проблематично, поскольку для начала необходимо будет доказать, что между Вами и главным бухгалтером имели место трудовые отношения. Более того, в соответствии с п. 10 Постановлением Пленума Верховного суда РФ от 16.11.2006 № 52, если в трудовом договоре между главным бухгалтером и работодателем не предусмотрена полная материальная ответственность, то Вы сможете взыскать ущерб только в размере среднего заработка. Если же работник не был оформлен, то необходимо будет доказать еще и размер среднего заработка.

Как итог можно сказать, что ситуация непростая и довольно противоречивая. Для того, чтобы детально в ней разобраться– информации очень мало.