Работаю у ИП, По договору минималка 10т. р., уплачивали налоги с 3т. р., что грозит ИП и бухгалтеру?

Навскидку:
- доначисление налога на доходы физических лиц (подоходного - НДФЛ) с полной суммы - ведь работодатель ИП обязан был выполнять обязанности налогового агента, т. е. удерживать и перечислять НДФЛ;
- пени на неудержанный и не перечисленный налог;
- штрафы - за неуплату налога + неисполнение обязанностей налогового агента + нарушение бухгалтерского учета по зарплате (каждый - от 20 до 40 % от неуплаченной суммы).
Это со стороны налоговой.
Далее:
- доначисление страховых взносов на всю сумму заработной платы;
- пени за неуплату взносов;
- штрафы за неуплату взносов (до 40 % от неуплаченного).
Это со стороны ПФ, ФСС и ФФОМСа.
Для ИП получившаяся сумма может быть ощутимой и закрытие дела не поможет - ИП несут ответственность всем имуществом и прекращение статуса на этот факт никак не влияет.
Если сумма набежит за 3 года достаточно большой, то возможна уголовная ответственость - за неисполнение обязанностей налогового агента, в первую очередь. Наказания там предусмотрены и для бухгалтера то же. Это штрафы (от 100 до 300 тыс.) или принудительные работы с лишением права на определенные должности (деятельность) на какой-то срок (от года до 5 лет).

Теоретически модет пострадать и сам работник. Поскольку подоходный налог уплачивает именно человек, а не его работодатель (работодатель только посредник). Следовательно, подоходный со своих доходов работник мог (и должен был, коль работодатель свои обязанности не исполняет) уплачивать сам - ежегодно подавать декларацию и платить 13 % с доходов.
На практике с такими делами не сталкивалась.

проверка налоговая им грозит выездная с последствиями

смотря какие документы оформляли. Еще нужны доказательства.