Добрый день! Вопрос такой, законно ли банки берут комиссию за налоговые сборы, т, е Транспортные и налоги на имущество?

Незаконно.
И ссылка на то, что банк коммерческий и должен "типа получать прибыль" в данном случае не работает. Поскольку перед обще государственным законом понятия "выгода" отступают.
Дело в том, что в имеется федеральный (тот самый общегосударственный) закон - налоговый кодекс РФ. Он, кстати, для всех обязателен, в том числе и для банков, в том числе и для коммерческих.
В кодексе есть специальная статья, определяющая ОБЯЗАННОСТИ банков при перечислении налогов и сборов - 60-ая. А в ней имеются довольно любопытные (для Вас) положения:
"Поручение налогоплательщика или поручение налогового органа исполняется банком в течение одного операционного дня, следующего за днем получения такого поручения... При этом плата за обслуживание по указанным операциям не взимается"
и
"Правила, установленные настоящей статьей, применяются также в отношении обязанности банков по исполнению поручений налоговых агентов, плательщиков сборов и распространяются на перечисление в бюджетную систему Российской Федерации сборов, пеней и штрафов"
Отсюда следует, что брать комиссию за перечисление налоговых платежей (налогов, сборов, пени и штрафов) банки не имеют права. Причем распространяется это положение и на организации, и на обычных физических лиц (ведь в кодексе: а) нет оговорки - с кого не взимается комиссия; б) брать комиссию с физических лиц и не брать с организаций означало бы нарушать принцип равенства).
Некоторые банки "маскрируют" комиссию платой за обслуживание или платой за бланк квитанции. Шлите лесом. Квитанции уже оформлены налоговой инспекцией и их образы хранятся в памяти терминалов (в нормальных банках) - так что ни заполнять квитанции, ни чего-то там "обслуживать" операционистам не надо.
Письма Минфина, кстати, эту позицию поддерживают.

Так что, если банк требует комиссию за налоговый платеж:
а) обязательно поинтересуйтесь, на основании какого это нового нормативно-правового акта они так решили?
б) пишите претензии, как минимум (и неожиданно окажется, что имел место "сбой в сетях", "неверная настройка" и "недогадливый операционист").

Естественно. Банк- коммерческое предприятие, взимающее плату за свои услуги.

А что они должны задаром работать? Ведь налоги идут в бюджет страны, а банк их просто перечисляет.

См. письмо УФНС по г. Москве "О государственной пошлине" от 05.05.2005 №18-03/3/22633.
-----------------------------------------
Вопрос 4: Имеют ли право отделения Сбербанка России взимать с граждан комиссионный сбор в размере 3% от уплачиваемой суммы государственной пошлины за услуги по приему денежных средств в уплату государственной пошлины?

Ответ: Государственная пошлина отнесена статьей 13 части первой Кодекса к федеральным сборам.
В соответствии со статьей 60 Кодекса поручение на перечисление налога или решение о взыскании налога исполняется банком при получении такого поручения или решения, если иное не предусмотрено Кодексом. При этом плата за обслуживание по указанным операциям не взимается.
Правила указанной статьи Кодекса применяются также в отношении обязанности банков по исполнению поручений на
перечисление сборов и решений о взыскании сборов.
Таким образом, взимание отделениями Сбербанка России с граждан комиссионного сбора в размере 3% от уплачиваемой суммы государственной пошлины за услуги по приему денежных средств в уплату государственной пошлины противоречит положениям Кодекса и является неправомерным