Схема работы торфяного биотуалета проста: отходы попадают в накопительный бак биотуалета, где смешиваются с торфом. Под воздействием бактерий происходит начальное компостирование отходов. По заполнении бака полуфабрикат компоста выносится в компостную кучу, где и происходит дальнейшее созревание компоста. Таким образом, в результате работы биотуалетов отходы разлагаются на безопасные для окружающей среды компоненты, чаще всего богатые питательными веществами, которые после окончательного созревания могут быть использованы как удобрение для почв.
Следует отличать биотуалеты от химических туалетов, которые для своей работы используют различные химические вещества (антисептики) . Утилизация отходов в данном случае происходит без помощи бактерий, а получающаяся субстанция может повредить окружающей среде. Поэтому данный вид туалетов не может называться биотуалетом.
