Что можно сделать со старым колодцем, в котором уже давно нет воды? Может быть, есть компании, засыпающие колодцы?

Компании, которые делают демонтаж колодцев, конечно же, есть. Все за Ваши деньги, месье ) Сначала заключите договор с важными менеджерами, потом Вам привезут камаз строительного мусора и двух таджиков, которые будут засыпать яму.. .
Поэтому советы, которые здесь есть, вполне дельные - надо использовать то, что есть. А мне эта история напомнила статью из старого журнала Наука и жизнь. Об использовании старых шахт.
В старую вертикальную шахту можно захоранивать радиоактивные отходы. Сбросить их туда и сверху залить бетонную пробку несколько метров. Отходы нагреваются (они же радиоактивные) и расплавляют под собой породу, и проваливаются ниже. Породы сверху остывают и еще закупоривают этот смертоносный груз. А там и период полураспада пройдет.
Это я не к тому, что у себя начать опасные отходы принимать ))), а к тому, что всему можно найти применение ).

Можно использовать как погреб Опускать туда еду в ведре и сделать утепленую крышку

Заказать 5 кубов грунта и из самосвала засыпать...

А может его почистить можно и водяную жилу освободить?

Мусор, отходы, траву после прополки. Со временем сам и засыпется.

Сделайте из него прудик, клумбу или сбейте щит, накройте колодец, а на щит поставьте горшки с цветами. А если щит обобьете железом, то можно на него ставить мангал.

канализацию

так это идеальный погреб, если нет возможности восстановить. а если попробовать почистить и восстановить через магарыч !!

Смотря какой глубины колодец, зависит от местности. В городе Бронницы Московской области колодцы до 60 метров глубиной, а во Владимирской обл. -5 бетонных колей, вот и колодец.

вывернуть его на изнанку --будет башня

Сливную яму.

Выгребную яму, погреб–если частично засыпать, может хранилище какое нибудь. Раз уж нет возможности восстановить колодец