почему многие растения если прикопаеш корневую шейку то погибают, почему имено это место начинает

Это связано с вымоканием и загниванием ствола выше корневой шейки... не у всех растений и не в любых условиях.
Если почва песчаная и нет застоя воды в осенне-весенний период у корневой шейки, то в принципе заглубление возможно.
Если растение имеет свойство при заглублении наращивать корни выше корневой шейки... пример -клематис, томат... то заглубление корневой шейки только во благо.
НО, если растение выращивается на глинистой почве и не наращивает корни на стебле выше корневой шейки, то заглубить его... это прямой путь к гибели растения.
Выше ответивший проффэссор, ждущий аргументов и механизмов... пусть читает в оригинале труды американских ученых... а мы уж как-нибудь по-простому)))

Она не дышит.

все уклончиво так отвечают - "дышит" "переход важен" и никаких аргументов чем он важен, какие конкретно работают механизмы - иначе это просто мантра)) Не могу ни найти ни добиться ни у кого вразумительного ответа, потому что практика говорит о другом - сажаем розы, заглубляя иногда шейку по самое некуда, чтобы перешла на свои корни - никаких пагубных последствий, заглубляла шейку у можжевельника вынужденно на 20 см - все Ок, заглубила персик уровень прививки под землей на 10 см растет и зимует. Тоже буду ждать ответа на ваш вопрос, хорошо бы с аргументами и разъяснением механизмов, происходящих нарушений

Это их источник кислорода.