Если произносить молитву, помешивая обычную воду ложечкой,ее структура изменится?

изменится.
только это изменение будет комплексным - и от воздействия металла ложки, и от слов молитвы.
поэтому мешать не нужно.
вот что я писал ранее о свойствах воды - для умывания и питья:
вода - универсальный переносчик информации во вселенной.
самая полезная вода - структурированная самой природой, землей - родниковая, в источниках, колодцах, реках и озерах. Земля - наша Божественная мать.
В нагретой или свеже размороженной воде - минимум структуы и она может принять на себя случайные негативные воздействия. или позитивные. зависит от того, что она встретит на своем пути.
в этом плане полезна святая вода - освященная молитвой или иконой.
или даже просто налитая в любимый бокал, подаренный любящим вас человеком.
Любовь - лучшая молитва.
И самая исцеляющая информация.
Известны опыты японского ученого (М. Эмото) по воздействию инфо на воду. одними из лучших слов такого рода были - любовь и признательность.
Любите воду, которую пьете и умываетесь - и будете всегда бодры и здоровы.
как например, Порфирий Иванов, который каждое утро, встав босиком на землю, и пожелав добра миру и людям, обливался холодной водой. и потом час молился ...матушке Природе.

возьмите "крещенскую" и добаляйте по капле в обычную - она, говорят, любую воду превращает в святую

Лучше не мешать ложечкой, а держать стакан в ладонях. Структура изменится даже без молитвы.

структура изменится
А, если хотите пить ежедневно святую воду, то лучше сходите в воскресенье на водосвятный Молебен после Литургии, наберите эту воду и пейте. Там много народа молится и батюшка воду освящает, а дома Вы одна.

Я прошу прощения, но люди, которые здесь ответили - они вообще в курсе, что такое структура воды?
А по поводу вопроса - читай молитвы. Это полезно в любом случае. И если ты веришь, то вода станет святой. Главное - верить.

структура изменится, но святой она наврядли станет

Думаю именно для тебя она станет святой. Главное верить в силу молитвы