в квартире установлены водяные счетчики, в квитанции по оплате СЭЗ выставляет сумму по общедомовому прибору учета.

Не может такого быть, потому что не может быть никогда, Вы что платите за весь дом? или Вы имели ввиду, что тарифы скачут, вот когда у всех будут счетчики и их суммарные показания будут совпадать с показаниями общедомового счетчика, тогда все нормализуется, но это из мира фантастики.

Постановление Правительства Российской Федерации от 23 мая 2006 г. № 307 г. Москва "О порядке предоставления коммунальных услуг гражданам"
23. При оборудовании многоквартирного дома коллективными (общедомовыми) приборами учета и оборудовании частично или полностью индивидуальными и (или) общими (квартирными) приборами учета размер платы за коммунальные услуги, потребленные в жилом помещении, оборудованном указанными приборами учета, определяется:
а) для холодного водоснабжения, горячего водоснабжения, газоснабжения и электроснабжения - в соответствии с подпунктом 1 пункта 3 приложения № 2 к настоящим Правилам;

Данная формула предусматривает корректировку показаний индивидуальных счетчиков с учетом перерасхода по общедомовому.

Выход - платить по нормативам, отказываться от счетчиков.

Количество электроэнергии, газа, воды (холодной и горячей) должно определяться в соответствии с данными учёта по индивидуальным приборам в каждой квартире (пункт 1 статьи 541 ГК РФ) .
Доначисления по общедомовым счетчикам не являются ФАКТИЧЕСКИ полученными количествами энергии и ничтожны в силу пунктов 2 и 5 статьи 426 ГК РФ.
Вполне естественно количество тепла должно определяться по общедомовому счётчику и распределяться пропорционально площадям квартир.
Разговоры о ЦЕЛЕСООБРАЗНОСТИ установки счётчиков не основаны на законе.

А ваш СЭЗ знает о том, что у вас в квартире стоит счётчик? И вы даёте ему показания по шкале своего, принятого в эксплуатацию прибора? Если это так, просто платите столько, сколько считаете нужным. Предоставьте доказывание вашего, якобы долга противоположной стороне. Если они начнут обосновывать свои расчёты, не затруднитесь их выставить в приложении к вашему вопросу. Наверное вам по силам подготовить ваш вопрос подробнее?

Это грубейшее нарушение прав потребителя. Выясните почему и в прокуратуру.

вазможно ваши счетчики не заегистрированы надлежащим образом и не опломбированы...