При покупки квартиры,по моей неопытности меня обманул юрист,который оформлял договор.Договор сделал задним числом,как бу

К сожалению, вы ничего не сможете сделать. Если разрешения на строительство нет - то по закону и строить дом никто не имел право, поэтому и прово собствености вы получили через суд. Нет законного застройщика, к которому вы могли бы предъявить требование! И договор долевого участия вы в рег. палате не регистрировали. Так ведь? Там требуют в обязательном порядке все разрешительные документы на строительство, а их не было. Я оказалась практически в похожей ситуации, мне тоже построили квартиру не на 100%. И проглотила! Спасибо, хоть так построили, и мне есть где жить. Другим вообще не построили ничего.

идти в суд и в пределах 3-х годичной давности оспаривать правильность расчета.

если я правильно поняла, то Вы хотите вернуть сумму переплаты, так?
Значит, раз уж право собственности установили в судебном порядке, где безусловно установили всю аферу застройщика, то и продолжайте по этой линии.
Давайте найдем виноватых и взыщем с них сумму убытков!
В ходе судебного заседания был произведен расчет стоимости жилого помещения на которое Вы просили суд признать за Вами право собственности. Вы доказали, что внеслю всю стоимость по договору, где, к примеру, 1 кв. м стоил 1000 руб. и т. д
Произведите свой расчет и обратитесь в суд с иском о взыскании суммы убытков, причиненых незаконными действиями ответчика.
Кто получил от Вас женьги-тот и виноват, что и требовалось доказать.
Ну а юрист.... вероятно именно эту задачу ему поставил работодатель: -)))))))