Люди подскажите пожалуйста как быть, сдаем комнату гражданам РФ в коммунальной квартире, соседи вызвали полицию

А вот эти 3 месяца проживания никто и никогда не докажет, так что успокойтесь.
А на соседей напишите жалобу в полицию, на предмет нарушения ст. 19.1 КОАП РФ - самоуправство.
Но по большому счету регистрация это ОБЯЗАННОСТЬ граждан, так что по истечении 3 месяцев проживания пусть они обратятся в УФМС за регистрацией. А то что ее проблемно сделать.. . проблемы в основном у вас в голове.

Будут проблемы с ЖКХ, если не установлены счетчики. Зарегистрирован 1 человек, коммуналку платите за 1, а потребляют коммунальные услуги - несколько. Даже если есть счетчики - вывоз мусора тоже надо оплачивать за всех.

Граждане РФ имеют право жить где хотят и без регистрации. Можете им сделать временную на 3 или 6 месяцев. Имеете право. Тогда соседи заткнуться.

Если квартира сдается не по договору аренды то самое страшное это возникнут проблемы с ИФНС.

А Вы напишите своим жильцам записку, что Вы разрешили им ПОЛЬЗОВАТЬСЯ принадлежащей Вам комнатой в Ваше отсутствие иногда- и пусть соседи доказывают, что они там проживают.
Ну или сделайте им временную регистрацию это не сложно. Так может и лучше потому как если соседи будут регулярно гадости делать они конечно ничего не добьются но нервы помотают изрядно.

Налоговой зря пугают некоторые авторы ответов- Вы налоговой не нужны так как доказать чего либо проблематично, а максимум чего Вам грозит это штраф от 100 до 300 рублей- так что даже если Вы сами на себя в налоговую захотите заявит- они Вас выгонят в шею. Я пробовал требовать в налоговой штраф за не предоставление декларации в срок, честно между прочим заработный- меня обозвали идиотом и выгнали)) )

квартиру по договору в аренду сдавать

Статья 27 Конституции РФ: 1. Каждый, кто законно находится на территории Российской Федерации, имеет право свободно передвигаться, выбирать место пребывания и жительства.
Исходя из этого положения следует, что любой аргумент в пользу незаконности пребывания гражданина на территории государства подлежит рассмотрению отдельным порядком, при этом следует учитывать правомерность применения подзаконных актов. Другими словами законы у нас не соблюдаются.

Можно составить в простой письменной форме договор безвозмездного пользования комнатой в коммунальной квартире - на короткий срок, например, на месяц, на который вперёд Вы получили плату, о которой говорить никому не говорить, или на неделю, и каждый раз его продлевать; можно передать такой договор Вашим жильцам и предъявлять его сотрудникам полиции. Сотрудники полиции не вправе оценивать договор и могут посылать Ваших соседей в Суд. А в договоре можно написать, что договор не нуждается в государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним, а также в регистрации по месту пребывания. Более того, в договоре можно написать, что условиями настоящего договора является запрет регистрации по месту пребывания, что не является основанием ничтожности или недействительности договора в силу положений соответствующего параграфа Гражданского Кодекса Российской Федерации.