можно ли прописать новорожденного без присутствия собственника жилья там,где прописана мать ребенка?

В соответствии с ЖК РФ ст. 30

2. Собственник жилого помещения вправе предоставить во владение и (или) в пользование принадлежащее ему на праве собственности жилое помещение гражданину на основании договора найма, договора безвозмездного пользования или на ином законном основании, а также юридическому лицу на основании договора аренды или на ином законном основании с учетом требований, установленных гражданским законодательством, настоящим Кодексом.
Отметим, что речь идет о ПРАВЕ собственника предоставить свое помещение в пользование, т. е. проживать в нем. Акт регистрации постоянного места жительства по отношению к праву собственника вторичен.
Далее в соответствии ст. 3 ЖК РФ
1. Жилище неприкосновенно.

2. Никто не вправе проникать в жилище без согласия проживающих в нем на законных основаниях граждан иначе как в предусмотренных настоящим Кодексом целях и в предусмотренных другим федеральным законом случаях и в порядке или на основании судебного решения.
Инструкция о порядке регистрации несовершеннолетних в обязательно порядке включает письменное согласие собственика (ов) жилого помещения.
Что касаеться муниципалки там правила несколько другие, но пока об этом речи нет

Новорожденные регистрируются по месту жительства родителей или одного из родителей.
Регистрация по месту жительства несовершеннолетних граждан, не достигших 14-летнего возраста, в т. ч. и новорожденных, осуществляется на ОСНОВАНИИ ПАСПОРТОВ родителей и СВИДЕТЕЛЬСТВА О РОЖДЕНИИ этих несовершеннолетних.
Регистрация несовершеннолетних граждан к родителям, проживающим в жилых помещениях, принадлежащих иным гражданам на праве собственности, осуществляется НЕЗАВИСИМО от их СОГЛАСИЯ.
Порядок регистрации несовершеннолетних по месту регистрации родителей установлен п. 28 Правил регистрации ...утв. Постановлением Правительства РФ от 17.07.1995 г. N 713, и п. 76 - 80 Адм. Регламента ...по рег. граждан… , утв. Приказом ФМС от 20.09.2007 г. N 208.
Поэтому требовать обязательного присутствия собственника жилья от Вас НЕ ИМЕЮТ права.
Если Вам такие требования все же предъявляет кто-либо типа "паспортисток" при ЖЭК (ЖЭУ, ТСЖ, УК и т. п.) , а тем более вдруг отказывают в приеме документов, стоит им напомнить, что они НЕ ВПРАВЕ ОТКАЗЫВАТЬ гражданам в приеме заявлений на регистрацию … (п. 7 Адм. Регламента …ФМС) . Такие действия просто незаконны и являются превышением должностных полномочий (или злоупотреблением ими) .
Отказ в приеме документов или задержку в регистрации свыше 6 дней, можно (и успешно) обжаловать вышестоящему руководству, в органе ФМС, прокуратуре и в суде.
Если не жаль времени и нервов! Выбор за Вами.
Удачи.

Можно. ст. 70 ЖК РФ.

да

несовершеннолетнего ребенка всегда прописывают по месту регистрации матери