правомерны ли действия ФНС?

Отказывая в имущественном налоговом вычете, Налоговый орган считал, что Вы и бабушка жены взаимозависимые лица, между Вами - отношения свойства. Вам надо доказать, что отношения между Вами не оказали влияния на условия и экономические результаты заключенного договора купли-продажи квартиры.

Имущественный налоговый вычет не применяется, если сделка купли-продажи жилого дома или квартиры совершается между физическими лицами, являющимися взаимозависимыми лицами (подпункт 2 пункта 1 статьи 220 НК РФ) . Взаимозависимыми признаются физические лица, отношения между которыми могут оказывать влияние на условия или экономические результаты их деятельности или деятельности представляемых ими лиц (пункт1 статьи 20 НК РФ) .

К взаимозависимым лицам относятся те, кто в соответствии с семейным законодательством РФ состоит «в брачных отношениях, отношениях родства или свойства, усыновителя и усыновленного, а также попечителя и опекаемого» (подпункт 3 пункта 1 статьи 20 НК РФ) .

Названным лицам имущественный вычет может быть предоставлен, только если отношения между ними не оказали влияния на условия и экономические результаты заключенного договора купли-продажи жилого дома или квартиры.

Основания для признания участников договора взаимозависимыми лицами возникают, если цена сделки существенно отклоняется от среднерыночной или продавец сохраняет за собой право пользования жильем, являющимся предметом сделки.

Отказать она может а вы обжаловать что вы не покупали они доказать должы

Правомерны. Т. к. когда вы купили квартиру, собственность стала общая а не именно ваша. Поэтому ФНС при проверки всех данных заподозрил подлог и отказал. Представьте аналогию, я живу со своей женой и мы перепродаем друг другу квартиры через бабашек дедушек, и все дружно получаем имущественный налоговый вычет.