Человек прописан в одном месте, при этом живет в другом. Получается, что коммунальными услугами он не пользуется.

Тут несколько вопросов в одном:
Человек прописан, но по месту прописки не живет, а значит и не пользуется услугами. Да не пользуется, но ведь он где-то фактически проживает и пользуется там. Отрицательна эта ситуация в том случае если он платит скажем за услуги своей квартиры, а фактически проживая например у матери накручивает её счетчики газа, воды и прочее.. . По закону даже уезжая в отпуск, вы должны обратиться в жек с заявлением, предоставить подтверждение того, что вы уезжаете из города и пользоваться услугами не будете и вам обязаны сделать перерасчет, так же и уход в армию сына, длительная болезнь в стационаре и прочее.. .
Но вцелом согласен с ответом - ставьте счетчики... Тогда платите только за то, что тратите.. . Но и тут есть подвожные камни...

принести в ЖКО справку о том что он проживает в другом месте и там оплачивает коммунальные платежи

у меня у подруги сын проживает в другом городе в течении учебного года.... привозит от туда справку и все.... ей пересчитывают кв. плату

Нужно счетчики на всё поставить и не будет проблем.

На него платёжки и не приходят, он свои коммунальные платежи "оплачивает" по месту прописки. Каким образом попал в вашу платёжку? Может он с вами не живёт, а просто в гости приехал. ЖЭУ что говорит по этому поводу?