налог при продаже квартиры которая досталась в наследство платиться от суммы оценочной или рыночной?

А зачем Вы в этой ситуации. вообще, обращаетесь к нотариусу? Лишние деньги завелись?
Законодательство РФ вовсе НЕ предусматривает ОБЯЗАТЕЛЬНОГО нотариального удостоверения договоров купли-продажи жилых помещений, в т. ч. и в случае, если эта квартира досталась по наследству.
Такое удостоверение производится ТОЛЬКО по желанию сторон договора и нотарисы за это взимают плату по нотариальному тарифу, но это и не налог, и размер горазда меньше 5% (где же это Вы такие проценты отыскали?) .
(И к налогам, тем более с доходов физ. лица от продажи имущества, нотариусы НИКАКОГО отношения не имеют) .
А для совершения Вашей сделки достаточно составить Договор купли-продажи в простой письменной форме, который независимо от наличия/отсутствия нотариального удостоверения, ПОДЛЕЖИТ гос. регистрации в рег. службе.
При этом налог на доход от продажи составит хоть и 13 %, но от цены по договору купли-продажи. . А взависимости от размера цены продажи сумма налога может быть уменьшена вплоть до нуля. )
Удачи.

Договоритесь с покупателем типа он покупает по номиналу \т. е. как оценят в БТИ\ и с этой суммы идёт профит нотариусу.

можно с цены БТИ, п. 8 ч. 1 ст. 333.25 НК РФ
оценка БТИ - копейки.. .

пример: моя квартира по рыночной цене стОит примерно 1300 тыс рублей, а по цене БТИ = 58 тыс рублей

да, это всё по госпошлине, которую вы платите нотариусу.
и нотариус берёт не 5%, а 0,3% - если вы близкий родственник и 0,6% - если не близкий родственник, п. 22 ч. 1 ст. 333.24 НК РФ

не 5 %, а 13 %
платить будете с суммы продажи минус 1 млн

Сегодня необязательно заключать договор купли-продажи жилого помещения в нотариальной форме. Однако самостоятельно составить договор купли-продажи в простой письменной форме могут далеко не все. И в любом случае приходится пользоваться квалифицированной юридической помощью. Иначе могут возникнуть проблемы с государственной регистрацией договора и перехода права собственности. Если вопросами продажи квартиры будет занимается агентство недвижимости, такой проблемы не возникнет.
При продаже квартиры, Вы должны заплатить НДФЛ. До 30 апреля, следующего за истекшим налоговым периодом, вы должны представить декларацию в налоговый орган по форме 3-НДФЛ. Подача декларации является обязанностью вследствие того, что вами получен доход, подлежащий обложению НДФЛ (ст. ст. 228, 229 НК РФ) . Либо в договоре купли-продажи указать сумму 1 000 000 руб. тогда налог будет равен 0.

нотариус не имеет право с вас ни чего брать. идите к риэлторам

Срок владения считается не с получения свидетельства на право собственности А С ДАТЫ смерти по справке.
Если нет 3-х лет на дату продажи, то обязан подать 3 НДФЛ даже если налог = 0