Какие для меня проблемы возникнут при разрешении спора на суде через 3 года?

Даже если он с матерью и сделал там кап. ремонт, доля племяша не изменится, тут вы путаете нормы СК РФ, а может он лишь потребовать от вас в дальнейшем компенсации части его расходов, да и то если докажет, что ремонтировал квартиру с вашего согласия.

Почему ВЫ допустили, что он там один живет? Вам надо было сдать квартиру в аренду и пусть он бегал бы по судам и добивался вселения. Вам надо любыми способами сейчас вселяться туда и делать невозможным их там пребывание, а также если у них есть иное жилье, то нужно обращаться в суд с иском о прекращении права собственности с выплатой денежной компенсации. Перед обращением в суд, провести оценку стоимости его доли, предложить добровольно продать Вам её, если нет, то идти в суд по ст. 252 ч. 4 Гк РФ. Хотя в последние 2 года судебная практика немного изменилась, могут быть с этим проблемы. Хотя еще не все суды знают позицию КС РФ и ВС РФ, и применяют ст. 252 по старому, что Вам на руку в общем то

у них маленькая доля и зачем вы позволяли им делать ремонт совсем не понятно. вам стоило бы выкупить их 2\9.

Если у них нет иного жилья - выход один: купить у них 2/9, в противном случае - они хачикам (предварительно предложат вам КУПИТЬ) подарят (а по факту - продадут) эти 2/9 и усё!