можно ли выписать и выселить человека без его согласия из ведомственного жилья, если не оплачены комунальные услуги

Ведомственное жилье принадлежит ведомству. Так понимаю что все таки это жилье муниципальное. Но выписывать надо куда то ( т. к. в соответсвии с Конституцией РФ, каждый имеет право на жилье) , в особенности если там еще прописаны несовершеннолетние. В договре социального найма скорее всего прописана обязаность оплачивать коммунальные платежи и возможность выселения квартиросъемщика.
Скорее всего события будут развиваться таким образом. Если долг за коммунальные услуги какой то фантастически большой ( от 500 000 и выше) , то переселят на меньшую площадь и взыщут стоимость потребленных коммунальных услуг.
Если все таки долг не фантастически большой, то подадут иск о взыскании платы за коммунальные услуги+пени+судебные расходы. Дело естественно выйграют ( если не докажете что платили) , постановление суда поступит к суд. приставу, н вынесет решение о возбуждении исп. производства и у вас начнут вычитатьданную сумму из зарплаты.
Как показывает опыт, суды очень неохотно выносят постановления о выселении. Надо смотреть конретную ситуацию.
В любом случае к вам не придут сотрудники ведомства и не выкинут вас и ваше имущество на улицу. Потому что это уже нарушение ваших имущественных прав. Все будет происходить только через суд.

Руководитель данного ведомства это вправе сделать

Да. Но это делает Наймодатель в порядке, установленном положениями соответствующего договора найма и закона.

Только через суд

а долг по коммуналке это козырь для собственника жилья при выселении