Получаем новую квартиру с доплатой за лишнюю площадь. За время оформления документов Департаментом ЖП мы временно зареги

Не существует по 29 закону г. Москвы ( предоставление очередникам) или 21 закону (переселение при сносе) никаких доплат "за лишнюю площадь".
Так что непонятно на каком основании получаете новую квартиру и по какому договору.
И при чем тут имущественный вычет.
Про временную регистр ( по месту пребывания сына и внука:
ч. 2 ст. 9 29 Закона: Не обладают самостоятельным правом пользования жилыми помещениями граждане, занимающие жилые помещения на основании договора поднайма, договора краткосрочного найма, а также граждане, пользующиеся жилыми помещениями в качестве временных жильцов.
ч. 7 ст. 9 29 Закона: Граждане, для которых занимаемые жилые помещения являются местом пребывания, в число проживающих в жилом помещении не включаются.
Так что с учетом этих норм 29 закона сына и внука не может ДЖП учесть вам при предоставлении в любом контексте: например при расчете нормы предоставления или действия. намеренно ухудш. жилусловия.
Если у вас переселение по 21 закону, и квартира у вас в собственности, то вам в собственность по договору мены должны предоставить равнозначное и без доплаты.
ч. 4 ст. 6 21 закона:
По письменному заявлению собственника с ним заключается договор мены, в соответствии с которым собственнику предоставляется другое благоустроенное жилое помещение, равнозначное освобождаемому жилому помещению. При этом равнозначным жилым помещением признается жилое помещение, площадь которого не меньше площади освобождаемого жилого помещения, а количество комнат соответствует количеству комнат в освобождаемом жилом помещении. При этом доплата за разницу в стоимостях обмениваемых жилых помещений не взимается.
Т. е. доплата не предусмотрена, если предост. равнозначное- и по площади не меньше и не меньше по кол-ву комнат. Т. е. если была двушка 46 метров, предост. двушку 54 метра, то доплаты никакой. Нет в этом случае "лишней площади"- это равнозначное- двушка вместо двушки.
Если таки снос и договор мены, кот. по правилам купли-продажи и в договоре будет указана стоимость конечно, то сможете заявить имущ. вычет как при покупке, если конечно вы плательщики НДФЛ по ставке 13% и ранее его не использовали, а то может не работающие уже пенсионеры с мужем.. .
Письмо МФ РФ от 03.07.12 г. № 03-04-05/7-829

см

Мало информации. Непонятно на основании чего получаете, за что доплачиваете и при чем сын с внуком. Только если и на него жилье купите.