при продажи недвижимости какая кадастровая стоимость важнее ГКН или ЕГРП (уплата налога)

Ни с какой. Налога не будет, так как у вас есть право на налоговый вычет в 1000 000 руб.

ч. 5 ст. 217.1 НК РФ:
В случае, если доходы налогоплательщика от продажи объекта недвижимого имущества меньше, чем кадастровая стоимость этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на продаваемый объект недвижимого имущества, умноженная на понижающий коэффициент 0,7, в целях налогообложения налогом доходы налогоплательщика от продажи указанного объекта принимаются равными кадастровой стоимости этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на соответствующий объект недвижимого имущества, умноженной на понижающий коэффициент 0,7.
В случае, если кадастровая стоимость объекта недвижимого имущества, указанного в настоящем пункте, не определена по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на указанный объект, положения настоящего пункта не применяются.
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_28165/1972d8b95a3702e0403a375737bcee825dcc78fa/
---------------
Поэтому см. на кадастр. стоимость надо на 1 янв. 17 год по ЕГРН раз продаете в 17 году, а не лохматую....
Др. вопрос, применима ли к вашему случаю эта ч. 5 ст. 217.1 НК РФ?
Он распростр. на тех, кто право собственности на продаваемую приобрел после 1 янв. 16 года. Именно на этих граждан ст. 217.1 НК РФ и распространяется.
Так что если приобрели в собственность до 1 янв. 16 года, можете хоть за три рубля продать, кто вам запретит, и не будут налогоблагаемую базу считать от кадастровой с коэфф. 0,7.
-----------
Но не надо занижать.
Указывайте в договоре реальную рыноч. цену, подадите декларацию о доходе, заявите налог вычет 1 млн руб., раз вычет в размере расходов на приобретение невыгодно заявлять (вы купили за 401 тыс руб., как утверждаете). посчитаете остаток, и с него НДФЛ 13%.
Если реальная цена продажи 950 тыс. руб. то с учетом вычета стандартного 1 млн. руб., нет остатка, с кот. НДФЛ, и получается НДФЛ 0 руб.

Возьмите свежую выписку из ЕГРН.