Начислят ли налоги на садовый домик за прежние годы, если он построен в 2000 г, а регистрируем его только сейчас ?

С пенсионеров нет, а так да

Его можно зарегистрировать как сарай, как хозблок, совсем не обязательно как жилой дом. И вы не написали, какая категория земель. Допустим под ИЖС, если на таком участке нет у вас другого жилого дома, то можете регистрировать как жилой. Налог на такой маленький домик не платится.

на садовый домик нет минус 50
Только на жилой дом или жилое строение
читай налоговый кодекс
там все прописано

5. Налоговая база в отношении жилого дома определяется как его кадастровая стоимость, уменьшенная на величину кадастровой стоимости 50 квадратных метров общей площади этого жилого дома.
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_28165/aa6ac7fd13de524fc94819a27cb41d1f970e5748/
"Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая)" от 05.08.2000 N 117-ФЗ (ред. от 30.10.2017)
НК РФ Статья 403. Порядок определения налоговой базы исходя из кадастровой стоимости объектов налогообложения

А зачем регистрируете ..сарай практически? См. № 284 - ФЗ.. Помимо того что вы пенсионеры и можете не платить налог за один дом ЛЮБОЙ площади ( одну квартиру, один гараж ) , но и каждый гр-н любого возраста имеет льготу ( не платит налог) за 50 кв. м для дома, 20 кв. м за квартиру, 10 кв. м. - за комнату..

Есть специальные налоговые адвокаты, которые оказывают консультацию по таким вопросам, рекомендую обратиться к ним, должны помочь разрешить ситуацию, оказать юридическую помощь - http://lawyer-tax.ru